Seguí los pasos de actualización normales, solo que le agregue un backup y una exportación de la lista, por si había que recurrir a la recuperación de desastres.
Despues de la actualización, las reglas de firewall y las de mangles eran cualquier cosa, o por lo menos no funcionaba como debian hacerlo, así que me llevo un poco de tiempo tratar de acomodarlo.
Se de varios amigos que han hecho la migración y no han tenido ningún problema pero a mi me paso algo bastante feo porque no sabía por donde encarar la situación, el problema en sí eran con las queues, algunas funcionaban bien y otras malisimamente mal, no sabía que pasaba, las volvía a escribir y nada, seguía funcionando igual de mal, encima el router era de accesos dedicados, que necesita tener un buen control de QOS y ancho de banda.
La solución fue hacerle un reset a la configuración, es decir, borrarla toda, y volver a escribir por consola toda la configuración del router. Despues de pasar algunas horas tipeando como loco, el router empezaba a funcionar como debía ser. Luego de chequearlo por algunas horas determine que el problema había sigo algo en la configuración que hace el Mikrotik cuando se hace la migración; porque hay que tener en cuenta que hay cambios casi radicales en la configuración o en la sintaxis de los comandos de la versión 2.8 a la 2.9.
Moraleja: a los router que tengo funcionando con la 2.8 los voy a dejar asi porque cumplen su función y no me hace falta, todavia, ningún de los agregados de la 2.9; y a los routers nuevos que voy configurando, a esos si les instalo la 2.9.