Desde hace un tiempo vengo modificando el theme de MKE Solutions para una próxima actualización y algunas modificaciones han hecho que tenga que leer bastante sobre como se organizan los themes en WordPress.
Buscando encontré un PDF que tiene un listado de las funciones PHP que se tiene para crear un theme y además la organización de los archivos internamente.
Pueden bajarlo desde acá
via: LordMax